Шредер, вместе со своим зловещим Кланом Футов, захватил власть в Нью-Йорке, после чего в городе наступило очень тяжелое время. Под их полным контролем находилось все, от полиции города до самых высокопоставленных чиновников. Больше всего от происходящего страдают простые жители, которые давно потеряли надежду на светлое будущее. Но в один прекрасный момент из канализации поднимаются четверо братьев, чтобы раскрыть свое предназначение и очистить город от преступности. Никто не знает их имен и даже не подозревает о том, что это не люди, а черепашки-ниндзя. Новым героям предстоит объединить свои усилия с бесстрашным репортером Эйприл и ее оператором Верном, чтобы разгадать коварный план Шредера и спасти город...